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感染症では感染の原因を特定しないと、治療を効果的に行うことができない。確かに広域スペクトラムの抗菌薬を用いれば、大概の細菌感染は治療することができるかもしれないが、耐性菌産生の原因となる。真菌は抗真菌薬でなければ治療できないし、ウイルスには抗ウイルス薬を使用する必要がある。よって、細菌検査にて感染の原因菌を特定することは感染症へのアプローチの第一歩である。
検体をグラム染色で染色し検鏡するとともに、培養しコロニーの性状などから菌を同定する。また、微量液体培養希釈法を用いて、薬剤感受性を決定する。菌の同定並びに薬剤感受性は自動化されている。
抗菌薬を投与する前に検体を採取しないと、何が原因菌か、何が効いているのかわからなくなる。検体は感染源となるので取り扱いには注意する。培養を行う際にはコンタミネーションに気をつける。血液培養の瓶には、先に嫌気性菌のボトルに注入してから、好気性菌のボトルに移る。
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