- 英
- cytochrome c、cyt c
- 同
- チトクロムc、シトクロームc、チトクロームc
- 関
- シトクロム、電子伝達系
[show details]
- ミトコンドリアの電子伝達系で酸化的リン酸化に関与。
- ミトコンドリア内膜の外表面に存在。表在性膜タンパク。複合体IIIと複合体IVの間を移動して電子を運ぶ。 (FB.341)
- ヘムは内膜に埋もれており、膜間部に出ている部分にはLys基が存在することが特徴
- 複合体IIIのシトクロムc1から電子を受け取り、複合体IVに電子を受け渡す。
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- the 3rd letter of the Roman alphabet (同)c
- (music) the keynote of the scale of C major
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- carbonの化学記号
- case[s]
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出典(authority):フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』「2017/03/07 15:17:20」(JST)
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シトクロムc |
ウシ心臓由来シトクロムcの立体構造
|
PDBに登録されている構造 |
PDB |
Ortholog search: PDBe, RCSB, PDBj |
|
|
識別記号 |
記号(英語版) |
CYCS; HCS; CYC |
その他ID |
OMIM(英語版): 123970 MGI(英語版): 88578 HomoloGene(英語版): 68675 GeneCards: CYCS Gene |
遺伝子オントロジー |
分子機能 |
• protein phosphatase type 2A activity
• iron ion binding
• protein binding
• heme binding
• electron transporter, transferring electrons from CoQH2-cytochrome c reductase complex and cytochrome c oxidase complex activity
• metal ion binding
|
細胞の構成要素 |
• protein phosphatase type 2A complex
• nucleus
• mitochondrion
• mitochondrial respiratory chain
• mitochondrial intermembrane space
• cytosol
|
生物学的プロセス |
• electron transport
• DNA fragmentation during apoptosis
• transport
• apoptosis
• caspase activation via cytochrome c
• cellular respiration
|
出典: Amigo / EGO |
|
RNA発現パターン |
|
その他参照発現データ |
オルソログ |
種 |
ヒト |
マウス |
Entrez(英語版) |
54205 |
13063 |
Ensembl(英語版) |
ENSG00000172115 |
n/a |
UniProt(英語版) |
P99999 |
n/a |
RefSeq (mRNA) |
NM_018947 |
XM_975140 |
RefSeq (protein) |
NP_061820 |
XP_980234 |
Location (UCSC) |
Chr 7:
25.12 - 25.13 Mb |
n/a |
PubMed search |
[1] |
[2] |
KEGG GENES |
hsa:54205 |
mmu:13063 |
シトクロムc(cytochrome c、cyt c)は、ミトコンドリアの内膜に弱く結合しているヘムタンパク質の一種である。タンパク質のシトクロムcファミリーに属する。他のシトクロムと異なり可溶性(100 g/L)で、電子伝達系において不可欠な因子である。酸化還元能を持つが酸素分子は持たない。電子伝達系では複合体IIIから1電子を受け取り、複合体IVに1電子を引き渡す。ヒトではシトクロムcは CYCS 遺伝子にコードされている[1][2]。
目次
- 1 機能
- 1.1 電子伝達系における役割
- 1.2 アポトーシスにおける役割
- 2 種間保存性
- 3 クラス
- 4 応用
- 5 相互作用
- 6 出典
- 7 関連文献
- 8 外部リンク
機能
電子伝達系における役割
シトクロムcはミトコンドリアで電子伝達系の構成要素を成す。シトクロムcのヘム基がb-c1複合体から電子を受け取り、シトクロムオキシダーゼ複合体に電子を渡す。また、シトクロムcはアポトーシスの開始にも関与する(後述)。シトクロムcは、細胞質に放たれるとアポトーシスプロテアーゼ活性化因子に結合する[1]。
シトクロムcはヒドロキシル化や芳香族酸化など幾つかの反応の触媒能を持つほかペルオキシダーゼ活性を有し、2,2-azino-bis(3-ethylbenzthiazoline-6-sulphonic acid (ABTS) や 2-keto-4-thiomethyl butyric acidや4-aminoantipyrine といった電子伝達体を酸化する。
アポトーシスにおける役割
シトクロムcは、アポトーシス(胚発生の段階や感染・DNA損傷への応答として細胞が自殺する制御的プロセス)においてシグナル仲介の役割を担っていることが知られている[3]。
細胞がアポトーシス誘導刺激を受けると、ミトコンドリアからシトクロムcが放出される。これは、細胞内のカルシウムイオン濃度が上昇することで、ミトコンドリアPTP(permeability transition pore)の開口が促されることによる。少量放出されたシトクロムcは小胞体膜上にあるIP3受容体と相互作用し、小胞体からカルシウムが放出される。このプロセスにより、濃度が上がったカルシウムはシトクロムcの大量放出を引き起こし、正のフィードバックループを形成して小胞体からのカルシウム放出を持続させる。これにより、小胞体から放出されたカルシウムの量は細胞毒性をきたすまで上昇する。細胞質中に放出されたシトクロムcは、今度はカスパーゼ9と呼ばれるシステインプロテアーゼを活性化する。カスパーゼ9はカスパーゼ3とカスパーゼ7を活性化し(カスパーゼカスケード)、最終的にアポトーシスを引き起こす。
種間保存性
シトクロムcは高度に保存されたタンパク質で、植物、動物、単細胞生物など非常に多様な生物で確認されている。この保存性と、約 12,000 Da という分子量の小ささから、分子系統学において有用なツールとなっている。一次構造はおよそ100アミノ酸残基から成るポリペプチド鎖であるが、多くの多細胞生物では104アミノ酸残基のポリペプチド鎖となっている[4]。
シトクロムcは進化生物学の分野でも研究対象となっている。例えばニワトリとシチメンチョウにおけるシトクロムcのアミノ酸配列は全く同じであるが、これらとアヒルとの間には1アミノ酸残基の違いがある。同様に、ヒトとチンパンジーのシトクロムcはまったく同一であるが、アカゲザルとの間には1アミノ酸残基の違いがある[5]。ヒトとチンパンジーでは66番目のアミノ酸残基がイソロイシンであるが、アカゲザルではこれがスレオニンになっている[4]。ブタ、ウシ、ヒツジのシトクロムcは全て同一である。
クラス
1991年、R・P・アンブラーはシトクロムcには以下の4つのクラスがあると考えた[6]。
- クラスI
- ミトコンドリアや真正細菌が持つ低スピン可溶性のシトクロムcである。ヘム結合部位はN末端側のヒスチジン残基にあり、リガンドはC末端側のメチオニン残基により供給される。
- クラスII
- 高スピンのシトクロムcである。ヘム結合部位がN末端側のヒスチジン残基にある。
- クラスIII
- 低い酸化還元電位を持つシトクロム群である。これのヘムc基は構造的にも機能的にも等しいものではなく、0mVから-400mvまでの異なる酸化還元電位を示す。
- クラスIV
- もともとヘムcや他の補欠分子族をもつ複合体タンパク質を指すために作られたクラスである。
応用
シトクロムcは、いわゆる低レベルレーザー治療(Low-Level laser therapy; LLLT)において機能的な働きを担っているのではないかと言われている。低レベルレーザー治療とは、赤色光や近赤外線を照射して組織を貫通させ、細胞の再生を高めるという治療法である。この波長の光はシトクロムcの活性を高める働きを持つとされ、これにより代謝が活性化し、組織再生のためのエネルギーを効率的に生み出すことが出来ているのではないか、と考えられている[7]。
相互作用
シトクロムcはCOX4I2と相互作用することが判明している[8][9][10][11]。
アポトーシスに関与するシグナル伝達経路の概観
シトクロムCは図の左中央近くにある。
出典
- ^ a b “Entrez Gene: cytochrome c”. 2010年4月18日閲覧。
- ^ Tafani M, Karpinich NO, Hurster KA, Pastorino JG, Schneider T, Russo MA, Farber JL (March 2002). “Cytochrome c release upon Fas receptor activation depends on translocation of full-length bid and the induction of the mitochondrial permeability transition”. J. Biol. Chem. 277 (12): 10073–82. doi:10.1074/jbc.M111350200. PMID 11790791.
- ^ Liu X, Kim C, Yang J, Jemmerson R, Wang X (1996). “Induction of apoptotic program in cell-free extracts: requirement for dATP and cytochrome c”. Cell 86 (1): 147–57. doi:10.1016/S0092-8674(00)80085-9. PMID 8689682.
- ^ a b Amino acid sequences in cytochrome c proteins from different species, adapted from Strahler, Arthur; Science and Earth History, 1997. page 348.
- ^ Linda Stone; Paul F. Lurquin; Luigi Luca Cavalli-Sforza. Genes, Culture, and Human Evolution: A Synthesis, Blackwell Publishing, 2007, page 79. ISBN 1405150890
- ^ Ambler RP (May 1991). “Sequence variability in bacterial cytochromes c”. Biochim. Biophys. Acta 1058 (1): 42–7. PMID 1646017.
- ^ Silveira PC, Streck EL, Pinho RA. (2005). “Cellular effects of low power laser therapy can be mediated by nitric oxide.”. Lasers Surg Med. 36 (4): 307–14. doi:10.1002/lsm.20148. PMID 15739174.
- ^ Michel, B; Bosshard H R (Aug. 1984). “Spectroscopic analysis of the interaction between cytochrome c and cytochrome c oxidase”. J. Biol. Chem. (UNITED STATES) 259 (16): 10085–91. ISSN 0021-9258. PMID 6088481.
- ^ Wiedemann, F R; Vielhaber S, Schröder R, Elger C E, Kunz W S (Mar. 2000). “Evaluation of methods for the determination of mitochondrial respiratory chain enzyme activities in human skeletal muscle samples”. Anal. Biochem. (UNITED STATES) 279 (1): 55–60. doi:10.1006/abio.1999.4434. ISSN 0003-2697. PMID 10683230.
- ^ Sampson, V; Alleyne T (Dec. 2001). “Cytochrome c/cytochrome c oxidase interaction. Direct structural evidence for conformational changes during enzyme turnover”. Eur. J. Biochem. (Germany) 268 (24): 6534–44. ISSN 0014-2956. PMID 11737208.
- ^ Lynch, S R; Sherman D, Copeland R A (Jan. 1992). “Cytochrome c binding affects the conformation of cytochrome a in cytochrome c oxidase”. J. Biol. Chem. (UNITED STATES) 267 (1): 298–302. ISSN 0021-9258. PMID 1309738.
関連文献
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- Skulachev VP (1998). “Cytochrome c in the apoptotic and antioxidant cascades.”. FEBS Lett. 423 (3): 275–80. doi:10.1016/S0014-5793(98)00061-1. PMID 9515723.
- Mannella CA (1998). “Conformational changes in the mitochondrial channel protein, VDAC, and their functional implications.”. J. Struct. Biol. 121 (2): 207–18. doi:10.1006/jsbi.1997.3954. PMID 9615439.
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外部リンク
- The Cytochrome c Protein
- Apoptosis & Caspase 3 - PMAP The Proteolysis Map-animation
- UMich Orientation of Proteins in Membranes families/superfamily-78 - Calculated orientations of cytochromes c in the lipid bilayer
- Cytochrome c - the US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
UpToDate Contents
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Japanese Journal
- 20pAB-10 シトクロームc酸化酵素のプロトン輸送機構 : 経験的原子価結合法による研究(20pAB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 1PT149 PPC, DSCのコンビネーション解析により明らかになったシトクロムcの新規多状態熱転移(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))
- Nakamura Shigeyoshi,Kidokoro Shun-ichi
- 生物物理 52(SUPPLEMENT_1), S94, 2012-08-15
- NAID 110009584988
- 1E1522 シトクロムcに対する尿素効果の自由エネルギー解析(蛋白質-物性I,口頭発表,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))
- Karino Yasuhito,Matubayasi Nobuyuki
- 生物物理 52(SUPPLEMENT_1), S28, 2012-08-15
- NAID 110009584641
- 1B1558 シトクロームc酸化酵素のプロトンポンプ機構に関する分子動力学シミュレーションによる研究(蛋白質-構造機能相関I,口頭発表,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))
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- electron transport chain, electron transport system, electron-transport system, electron-transfer system
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- 電子
電子伝達系
分子
還元力のキャリアー
酵素複合体
- CoQによるNADHの酸化を触媒
- シトクロムcによるCoQの酸化を触媒
- 電子受容体O2による還元型シトクロムcの酸化を触媒
- CoQによるFADH2の酸化を触媒
反応
- NAD+ + 2H+ + 2e- ⇔ NADH ΔE = -0.315V
- 反応は左に進む
- 1/2O2 + 2H+ + 2e- ⇔ H2O ΔE = 0.815V
- 反応は右に進む
- NADH + 1/2O2 + H+ ⇔ H2O + H2O ΔE = 1.130V
- ΔG゚'=-nFΔE゚' ゆえに ΔG゚' = -218kJ/mol。ATP合成には30.5kJ/mol必要
- 1モルのNADHの酸化により約3ATPを合成できる
阻害薬 (FB.337)
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- 関
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[★]
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- シトクロムcオキシダーゼ、シトクロム酸化酵素 cytochrome oxidase、シトクロムオキシダーゼ、チトクロムc酸化酵素、電子伝達複合体IV、複合体IV complex IV、シトクロムaa3 cytochrome aa3、インドフェノラーゼ indophenolase、インドフェノール酸化酵素 indophenol oxidase
臨床関連
- intelectual deterioration, weakness, ataxia, seizures, and death at a young age
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- 関
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- CYP P450:モノオキシゲナーゼ
[★]
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