SINE
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- 本講義のねらい • 反復配列を通して脊椎動物のゲノムDNAの 構成を理解する • ゲノム解析における反復配列のはたす役割 や問題点について理解する • 反復配列を通してゲノム進化のあり方を理解 する
- 反復配列 ヘテロクロマチンを除いてヒトゲノムの 53% は 反復配列 から成ることが知られている。反復配列とは、同じ塩基配列が複数回に亘って出現する配列である。非常に小さな塩基配列が反復しているものもあれば、1,000～200,000の ...
- 今ではtRNA起源のSINE（短い散在性反復配列 、レトロポゾン レトロポゾン ゲノム内を移動する転移因子「トランスポゾン」のうち、自分の配列をRNAに転写した配列から逆 転写酵素によりDNAに複写された配列をゲノムに再挿入して増幅 ...
★リンクテーブル★
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- 日
- 短い散在反復配列、短分散型核内反復配列、短い散在性反復配列
- 英
- short interspersed element, short interspersed nuclear element, short interspersed nucleotide element, SINEs
- 関
- レトロトランスポゾン
- quoted from http://en.wikipedia.org/wiki/Long_interspersed_nucleotide_elements#SINEs
- Short interspersed repetitive elements or Short interspersed nuclear elements[8] are short DNA sequences (<500 bases) that represent reverse-transcribed RNA molecules originally transcribed by RNA polymerase III into tRNA, rRNA, and other small nuclear RNAs. SINEs do not encode a functional reverse transcriptase protein and rely on other mobile elements for transposition. The most common SINEs in primates are called Alu sequences. Alu elements are 280 base pairs long, do not contain any coding sequences, and can be recognized by the restriction enzyme AluI (hence the name). With about 1,500,000 copies, SINEs make up about 13% of the human genome.[11] While historically viewed as "junk DNA", recent research suggests that in some rare cases both LINEs and SINEs were incorporated into novel genes, so as to evolve new functionality. The distribution of these elements has been implicated in some genetic diseases and cancers.
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- 関
- short interspersed element、short interspersed nuclear element、SINE
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- 英
- short interspersed nucleotide element
- 関
- 短分散型核内反復配列、短い散在反復配列、短い散在性反復配列
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- 英
- sequence、arrangement、array、constellation、arrange、sequential
- 関
- 協定、経時的、系列、結果、シークエンス、シーケンス、順序、準備、筋道、整列、取り計らう、配置、配列決定、連続、連続的、逐次、結果としての、時系列、並べる、アレイ、順次、整理
array_unique()
for ( $i = 0 ; $i < 5 ; $i++ ) {
$a['w'][$i] = $i+100;
$a['m'][$i] = 1;
}
for ( $i = 5 ; $i < 15 ; $i++ ) {
$a['w'][$i] = $i+100;
$a['m'][$i] = 2;
}
for ( $i = 15 ; $i < 20 ; $i++ ) {
$a['w'][$i] = $i+100;
$a['m'][$i] = 3;
}
$a['w'][5]=100;
$a['w'][15]=100;
var_dump($a);
$b = array_unique($a['w']); #配列 重複キー 消去
var_dump($b);
-----
array(2) {
["w"]=> array(20)
{
[0]=> int(100) [1]=> int(101) [2]=> int(102) [3]=> int(103) [4]=> int(104) [5]=> int(100) [6]=> int(106) [7]=> int(107) [8]=> int(108) [9]=> int(109) [10]=> int(110) [11]=> int(111) [12]=> int(112) [13]=> int(113) [14]=> int(114) [15]=> int(100) [16]=> int(116) [17]=> int(117) [18]=> int(118) [19]=> int(119) }
["m"]=> array(20)
{
[0]=> int(1) [1]=> int(1) [2]=> int(1) [3]=> int(1) [4]=> int(1) [5]=> int(2) [6]=> int(2) [7]=> int(2) [8]=> int(2) [9]=> int(2) [10]=> int(2) [11]=> int(2) [12]=> int(2) [13]=> int(2) [14]=> int(2) [15]=> int(3) [16]=> int(3) [17]=> int(3) [18]=> int(3) [19]=> int(3) } }
array(18) {
[0]=> int(100) [1]=> int(101) [2]=> int(102) [3]=> int(103) [4]=> int(104) [6]=> int(106) [7]=> int(107) [8]=> int(108) [9]=> int(109) [10]=> int(110) [11]=> int(111) [12]=> int(112) [13]=> int(113) [14]=> int(114) [16]=> int(116) [17]=> int(117) [18]=> int(118) [19]=> int(119) }
配列の要素の除去
array_pop
- 配列のインデックスから、末尾にあるインデックス１つを取り除く。指定した変数の配列が空だった場合には、null が帰される。
配列の結合
- 1. +演算子。同じキーを上書きする。
- 2. array_push(array, array)とすると、出力が array([0]->array, [1]->array)になる。
- 3. array_match(out_array, add_array)これでokだが、add_array = array();だとエラーが起こるので、適当なトラップが必要。 ← array_mergeの間違えでしょ？
配列要素の結合
$str = implode('/',$array);
配列の要素表示
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- 英
- dissemination、disseminate、intersperse、dispersed、interspersed
- 関
- 散らばった、転移、播種、汎発、分散、分散型、内転移
[★]
- 英
- short、brief、brevis
- 関
- 乏しい、短期、不足、要約、しばらく、省略された、短時間
[★]
- 英
- repetitive sequence, repeated sequence
- 同
- 繰返し配列、繰り返し配列
[★]
- 英
- row、tier、train
- 関
- 作条、訓練、層、連、段