分類学、生物分類学

関: classification、taxonomic

WordNet

practice of classifying plants and animals according to their presumed natural relationships
(biology) study of the general principles of scientific classification
a classification of organisms into groups based on similarities of structure or origin etc
restriction imposed by the government on documents or weapons that are available only to certain authorized people
a group of people or things arranged by class or category (同)categorization, categorisation
the basic cognitive process of arranging into classes or categories (同)categorization, categorisation, sorting
of or relating to taxonomy; "taxonomic relations"; "a taxonomic designation" (同)taxonomical, systematic

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分類学;分類法
〈U〉〈C〉分類[作業];分類法;分類結果 / 〈U〉(生物学上の)分類
分類の, 分類学上の

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出典(authority):フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』「2015/08/27 04:17:02」(JST)

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分類体系（Taxonomy）は、クラス分けの実践と科学である。タキソノミは、分類の実行と科学である。この語の起源は、ギリシア語のτάξις：taxis（'秩序'または'整理'を意味する）とνόμος：nomos（'法律'または'科学'を意味する）で見つけられる。タキソノミはtaxa（taxonの複数形）として知られる分類学の単位を使う。

加えて、その語は、可算名詞 Count noun としても使われる：一つのタキソノミまたは分類学スキーマは、階層 Hierarchical 構造に整理された、特定の分類（　…のタキソノミ）である。典型的に、これは、汎化－特化関係、あるいは正式ではないが親子関係とも呼ばれるスーパータイプ－サブタイプ関係によって組織化される。このような階層関係で、定義されるサブタイプは、スーパータイプと同じ特性、振舞、および制約に加え一つ以上の特性、振舞、および制約を持つ。例えば、自動車は乗り物 Vehicle のサブタイプであるが、全ての乗り物は自動車ではない。そこで一つのタイプが乗り物であるより自動車であるためのより多くの制約を必要とする。他の例は、全てのシャツは衣類 Clothing の一つであるが、衣類のすべての一つはシャツではない。ここで一つのタイプは、衣類の一つであるよりシャツであるべき多くのパラメータを満たす必要がある。

1 アプリケーション
2 タキソノミとメンタルな分類
3 さまざまな生物論的分類
- 3.1 生物系統発生学
- 3.2 数値タキソノミ
4 非科学的タキソノミ
5 軍事的タキソノミ
6 経済的タキソノミ
7 安全性タキソノミ
8 注釈
9 関連項目
10 参照
11 外部リンク

アプリケーション

オリジナルのタキソノミは、構造体の分類（今日時にはアルファ分類 Alpha　taxonomyとして知られる）、または構造体の特定の分類をすることだけに参照される。それはまた、そのような一つの分類の基盤となる原則と同じように、もの又は概念のひとつの分類を参照するため使われる。タキソノミは、それらの確立された自然の関係に沿って構造体の、認識、グループ化、および命名の学習で取り扱う場面である。

ほとんどのすべての命あるオブジェクト、命ないオブジェクト、場所、概念、イベント、特性、および取り得る関係は、そこで幾つかのタキソノミ・スキームに沿って分類されるかもしれない。Wikipedia カテゴリは一つのスキームを描き、そしてWikipedia の完全タキソノミは自動的手段によって抽出される。最近それは、Wikipedia分類タキソノミを改良し再構築するのに使われる、WordNetのようなコンピュータ的語彙目録のような手動で構築されるタキソノミを示した。

用語タキソノミは、時にはネットワーク構造 Network@mathematicsのような、親子階層以外の関係タイプの関係スキームに適用される。この場合、それらは複数の親を持つ一つの子を含むかもしれない、例えば、「自動車」が親である「乗物」と「鋼鉄機構」の両方と共に現われるかもしれない；技術的に、これは単に「自動車」がいくつかの異なったタキソノミの一部であることを意味する^[1]。一つのタキソノミはまた、グループあるいはアルファベット順リストでさえ、ものの種類の単なる一つの組織化かもしれない。しかしながら、用語語彙はこのようなリストにより適切である。現在の用法で知識管理内で、オントロジが関係タイプのより大きい変化に適用することから、タキソノミはオントロジより狭いと考えられる^[2]。

数学的に、階層的タキソノミは、与件のオブジェクト・セットのためのツリー構造 Tree_structureの分類である。それはまた包含階層Containment hierarchyと名付けられます。この構造のトップにはすべてのオブジェクトに適用できる一つの分類であるルートノードがある。このルートの下のノードは、分類されたオブジェクトの全体セットのサブグループに適用されるより特定の分類である。推論の進歩は汎用からより特定のものへと進む。科学的なタキソノミで、conflative 用語が常に polyseme である^[3]。

それとは対照的に、法的ターミノロジー、オープン・エンドな文脈タキソノミにおける一つのタキソノミは、特定文脈に関してのみ保持する。法的ドメインから採られたシナリオにおいて、一つの概念の意味の「コア」と「陰影」の様々な表記を示唆する、法的用語のオープン・テクスチャの形式的記述がモデル化される。推論の進歩は、特定のものからより汎用へと進む^[4]。

タキソノミとメンタルな分類

何人かは、そのようなシステムにその世界のその知識を大人の心で自然に組織化すると論じた。このビューはしばしばImmanuel Kantの認識論 Epistemologyに基づく。人類学者 Cultural_anthropologyは、タキソノミが一般に地域的な文化と社会システムに組み込まれることを観察した。おそらく民族のタキソノミの最もよく知られかつ影響力を持つ学習はÉmile Durkheimの信仰生活の初歩的フォームです。より最近の（数十年の経験的研究の結果を含む）民族的タキソノミの取扱と科学的タキソノミへのそれらの関係の議論がScott Atranの博物的な認知的基礎で見つけることが出来る。

さまざまな生物論的分類

（時に"Linnaeanタキソノミ Linnaean taxonomy“として知られている）生物学的分類 Biological classificationは、未だに一般的な最もよく知られるタキソノミのフォームである。それは、あるプロセスの最終ステップのみを分類と最終結果をコミュニケートする手段だけの分類を伴う、その経験的科学である上記こととは異なる。それはまたtaxaの予測、発見、記述、及び（再）定義を含む。それは、界（Kingdom）、門（Phylum）、綱（Class）、目（Oeder）、科（Family）、属（Genus）、種（Species）含む、タキソノミ・ランクを（様々なニーモニック表現が" Linnaean "のタキソノミ・ランク－動物学ニーモニック Zoology mnemonicを参照－のリストの記憶で人々を助けるため、）使いう。動物学では、より重要な（スーパー科 Taxonomic rankからサブ種 Subspeciesへの）ランクのため学名命名法は、ランクの付番を許すことを含め、より高いランクでの名前のためより広範囲を表す一方で、ICZNコード ICZN Codeで厳しく規制される。タキソノミ自体は、決して規制されないが、常に特定のコミュニティでの研究結果である。どのように研究者がそれらのtaxaの変化に到達するかは；入手可能なデータに依存し、そして資源と方法はDNA配列データの大量な詳細化するコンピュータ分析印象的特徴の単純な量的 Quantitative_propertyかつ質的Qualitative_dataから変動する。

生物系統発生学

今日、伝統的なランクベースの生物学的分類の代替は、taxaが何を区別するかに焦点を当てるのではなく、系統的ツリー Phylogenetic tree（継承のツリー）を要求する、系統的体系（phylogenetic systematics）である。この良く知られたフォームは分岐論 Cladisticsである。

分岐論的分析結果はしばしば分岐図として描かれる。もし認識されるなら） taxaが常に分岐論分析によって発見される apomorphies（得られる特徴）によってまとまった clades に対応するに違いないcladists によって保持される。幾つかのcladists ［誰か？］が、clades が不完全なランク・ベース階層で表現され、そしてランク・ベースの学名においてICZN 、ICBN等のモデルに基づいてcladesの公式な命名のための提案されたruleworkであるPhyroCodeをサポートすることを保持する。

数値タキソノミ

数値タキソノミ Numerical taxonomy、数値 phenetics あるいは taximetrics においてタキソノミは、排他的にクラスタ分析 Cluster analysisと生体数の測定可能な特徴を特徴づけるベストフィットの数値方程式に近隣結合 Neighbor_joiningします。それは種の間の進化の「距離」の基準をもたらします。この方法は今日主として cladistic 分析によって取って代わられた；それはplesiomorphic特徴によってミスリードされがちである。

非科学的タキソノミ

Durkheim [1]と Lévi-Strauss[2]による彼らの分析のようなその他のタキソノミは、時にはhabitus[3]とhabitsにおける類似と云うよりむしろ進化の関係に焦点を当てた科学的タキソノミからそれらを区別するため、フォーク・タキソノミ[4]と呼ばれる。phenetics はおそらく全体的類似性を多く強調をするけれども、それは系統の進化的[5]関係を再現しようとする定量分析であり、taxaフォーム[6]の類似性ではない。

新表現[7]フォークソノミ[8]は、それは２つの用語から作り出される両開き[9]であるけれど、フォーク・タキソノミと混乱すべきではない。（フランス語 faux は"false"から）"Fauxonomy"は、科学的発見を伴う合意不足のためのフォーク・タキソノミを批評するため使われる、軽蔑的な[10]新表現[11]である。Baraminology[12]は、フォーク・タキソノミのtaxaフォームを再編する分類における科学創造[13]で使われるタキソノミである。

句「エンタープライズ・タキソノミ」[14]は、１つの組織内でのみ使われるタキソノミの非常に限定されたフォーム記述するビジネスで使われる。例は、ある木材会社によって出荷記録を分類するためだけに使われる「タイプＡ」、「タイプＢ」及び「タイプＣ」としてツリーを分類する方法であろう。

軍事的タキソノミ

軍事理論家Carl von Clausewitzは、どんな状況も『一瞬のまばたき』 (Coup d'œil)で基本を把握することの重要性を強調した。軍事の文脈において、機敏な戦術家は、瞬時に影響範囲を掌握し、行動のもっともらしくかつ適切なコースを予測し始める^[5]。Clausewitzの概念的『まばたき』は、領域内domain内の概念のセットを組織化する仮の概念体系を表現する。

用語『military taxonomy』は、兵器、装備、組織、戦略、及び戦術の領域をカバーする^[6]。軍事における分類体系の利用は、目録化されたツールやテンプレートの記録保持としてその価値を背後に拡大する^[7] 。－－例えば、分類体系モデル分析は、政治的文脈での軍事力の利用のスペクトル描写の有用性を暗示する^[8]。

軍事的作戦の様々なタイプを記述する用語の分類体系は、全ての要素が定義されそしてフレーミングframingのようでなく扱われる方法によって基本的に影響される。例えば、特定の軍事作戦の用語で、分類体系は、（平和維持、災害救援、あるいはテロ対策のような作戦の機能的目的に基づいたアプローチからまったく異なる結果を生じるのに参加するエンティティ（母体）の差別化や分類化に基づきアプローチする^[9]。

経済的タキソノミ

詳細は「Industry taxonomy」を参照

分類体系はまた、製品、会社、あるいは産業を含む経済的活動を分類するため度々使われる。

広く使われる産業分類体系industry taxonomiesは、国際標準産業分類International Standard Industrial Classification：米国産業標準分類 (SIC)、北米産業分類システム (NAICS)、経済活動の英国標準産業分類 (United Kingdom Standard Industrial Classification of Economic Activities)、ロシア経済活動分類システム (Russian Economic Activities Classification System : OKVED)のような国家あるいは地域的分類体系と産業分類ベンチマーク (Industry Classification Benchmark)やグローバル産業分類標準 (Global Industry Classification Standard)のような私有の分類体系の両方を含む。国際的及び国家的分類体系は、公的な統計機関によって使われる。私有の分類体系は、投資ファンドInvestment vehicleと似たようなグループへの財務サービスFinancial services産業や株式市況Stock market indicesの区分構築に度々使われる。

Pavittの分類体系Pavitt's Taxonomyは、革新的な彼らの主要な情報源によって会社を分類する。

安全性タキソノミ

分類体系の創作は、安全科学 (解釈学)Safety scienceにおいて大変重要である。例えば、人為ミスと事故原因を分類し分析するため多くの分類体系が存在する。これらの例には、Reasonのスイス・チーズ・モデルSwiss Cheese Model、CREAM (Cognitive Reliability Error Analysis Method)に基づいた人的要素分析と分類システムHuman Factors Analysis and Classification System、英国鉄道産業のCIRAS (Confidential Incident Railway Analysis System)によって使われる分類体系、及びその他を含む^[10] 。

注釈

^ Jackson, Joab. "タキソノミは設計ではなく、それは芸術です" 政府コンピュータニュース (Washington, D.C.). September 2, 2004.
^ Suryanto, Hendra and Paul Compton. "Learning classification taxonomies from a classification knowledge based system." University of Karlsruhe; "Defining 'Taxonomy'," Straights Knowledge website.
^ Malone, Joseph L. (1988). The Science of Linguistics in the Art of Translation: Some Tools from Linguistics for the Analysis and Practice of Translation, p. 112.
^ Grossi, Davide, Frank Dignum and John-Jules Charles Meyer. (2005). "Contextual Taxonomies" in Computational Logic in Multi-Agent Systems, pp. 33-51.
^ Clausewitz, Carl. (1982). On War, p. 141; "Defining 'Taxonomy'," Straights Knowledge website.
^ Cycorp: Structured information
^ Fenske, Russell W. "A Taxonomy for Operations Research," Operations Research, Vol. 19, No. 1 (Jan.-Feb., 1971), pp. 224-234;] United Nations. "Taxonomy for Recordkeeping in Field Missions of UN Peacekeeping Operations." June 2006.
^ Cohen, Stuart A. and Efraim Inbar. "A taxonomy of Israel's use of military force," Journal Comparative Strategy, Vol. 10, No. 2 (April 1991), pp. 121 - 138.
^ Downie, Richard D. "Defining integrated operations," Joint Force Quarterly (Washington, D.C.). July, 2005.
^ Wallace,B, and Alastair Ross. Beyond Human Error: Taxonomies and Safety Science; (CRC Press 2006).

参照

Atran, S. (1993) Cognitive Foundations of Natural History: Towards an Anthropology of Science. Cambridge: Cambridge University Press. 10-ISBN 0521438713 13-ISBN

9780521438711

Carbonell, J. G. and J. Siekmann, eds. (2005). Computational Logic in Multi-Agent Systems, Vol. 3487. Berlin: Springer-Verlag. 13-ISBN 978-3-540-28060-6
Clausewitz, Carl. (1982). On War (editor, Anatol Rapoport). New York: Penguin Classics. 10-ISBN 0-140-44427-0; 13-ISBN 978-0-140-44427-8
Malone, Joseph L. (1988). The Science of Linguistics in the Art of Translation: Some Tools from Linguistics for the Analysis and Practice of Translation. Albany, New York: State University of New York Press. 10-ISBN 0-887-06653-4; 13-ISBN 978-0-887-06653-5; OCLC 15856738
*Marcello Sorce Keller, "The Problem of Classification in Folksong Research: a Short History", Folklore, XCV(1984), no. 1, 100-104.
Chester D Rowe and Stephen M Davis, 'The Excellence Engine Tool Kit'; ISBN 978-0-615-24850-9

外部リンク

Hjørland: Scientific classification and taxonomy. IN: The epistemological Lifeboat
Wikispecies Main Page
Integrated Taxonomic Information System
Taxonomy at the National Center for Biotechnology Information
Taxonomy at the European Bioinformatics Institute (formerly known as "New EBI Web Taxonomy (NEWT)")
Library of Taxonomy Resources
Metadata? Thesauri? Taxonomies? Topic Maps! - Making sense of it all
Taxonomies & Controlled Vocabularies Special Interest Group of the American Society for Indexing
Consortium of European Taxonomic Facilities

wiki en

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Taxonomy may refer to:

Science

Taxonomy (biology), a branch of science that encompasses the description, identification, nomenclature, and classification of organisms
- Alpha taxonomy, the description and basic classification of new species, subspecies, and other taxa
- Linnaean taxonomy meaning either of:
  - the original classification scheme of Carl Linnæus
  - rank-based scientific classification as opposed to clade-based classification
- Evolutionary taxonomy, traditional post-Darwinian hierarchical biological classification
- Numerical taxonomy, a taxonomic method employing numeric algorithms
- Phenetics, a system for ordering species based on overall similarities
- Phylogenetics, based on characteristics derived from shared descent from common ancestors
Chemical classification, the basal taxonomy of chemical compounds
Flynn's taxonomy, a classification of instruction level parallelism methods

General

Taxonomy (general), the practice and science of classification of things or concepts, including the principles that underlie such classification
Folk taxonomy, the way people describe and organize their natural surroundings
Taxonomy for search engines as a tool to improve relevance of search in a vertical domain

Business and economics

Corporate taxonomy, the hierarchical classification of entities of interest to an enterprise, organization or administration
Economic taxonomy, a system of classification for economic activity
- Global Industry Classification Standard, an industry taxonomy developed by MSCI and Standard & Poor's (S&P)
- Industry Classification Benchmark, an industry classification taxonomy launched by Dow Jones and FTSE
- International Standard Industrial Classification (ISIC), a United Nations system for classifying economic data
- North American Industry Classification System (NAICS), used in Canada, Mexico, and the United States of America
- Pavitt's Taxonomy, classification of firms by their principal sources of innovation
- Standard Industrial Classification, a system for classifying industries by a four-digit code
- United Kingdom Standard Industrial Classification of Economic Activities, a Standard Industrial Classification by type of economic activity
XBRL Taxonomy, eXtensible Business Reporting Language
SRK taxonomy, in workplace user-interface design

Education

Bloom's taxonomy, a standardized categorization of learning objectives in an educational context
Classification of Instructional Programs, a taxonomy of academic disciplines at institutions of higher education in the United States
SOLO Taxonomy, Structure of Observed Learning Outcome, proposed by Biggs and Collis

Safety

Safety taxonomy, a standardized set of terminologies used within the fields of safety and health care
- CREAM (Cognitive Reliability Error Analysis Method), a human reliability analysis technique
- Human Factors Analysis and Classification System, a system to identify the human causes of an accident
- Swiss cheese model, a model used in risk analysis and risk management propounded by Dante Orlandella and James T. Reason

Other

ACM Computing Classification System, a subject classification system for computing devised by the Association for Computing Machinery
Mathematics Subject Classification, an alphanumerical classification scheme based on the coverage of Mathematical Reviews and Zentralblatt MATH
Military taxonomy, a set of terms that describe various types of military operations and equipment
Nosology, classification of diseases

UpToDate Contents

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1. ブルセラ菌の微生物学、疫学、および病因 microbiology epidemiology and pathogenesis of brucella
2. エーリキアの生物学 biology of ehrlichiae
3. ノカルジア症の微生物学、疫学、および病因 microbiology epidemiology and pathogenesis of nocardiosis
4. その他の紅斑熱群リケッチア感染 other spotted fever group rickettsial infections
5. 慢性疼痛の定義および病因 definition and pathogenesis of chronic pain

English Journal

The genus Shewanella: from the briny depths below to human pathogen.

Janda JM, Abbott SL.Author information Department of Public Health, Public Health Laboratory , Downey, CA , USA and.AbstractAbstract The genus Shewanella is currently composed of more than 50 species that inhabit a range of marine environs and ecosystems. Several members of this genus, including S. oneidensis, have been identified that could potentially play key roles in environmental processes such as bioremediation of toxic elements and heavy metals and serving as microbial fuel cells. In contrast to this beneficial role, shewanellae are increasingly being implicated as human pathogens in persons exposed through occupational or recreational activities to marine niches containing shewanellae. Documented illnesses linked to Shewanella include skin and soft tissue infections, bacteremia, and otitis media. At present, it is unclear exactly how many Shewanella species are truly bona fide human pathogens. Recent advances in the taxonomy and phylogenetic relatedness of members of this genus, however, support the concept that most human infections are caused by a single species, S. algae. Some phylogenetic data further suggest that some current members of the genus are not true Shewanella species sensu stricto. The current review summarizes our present knowledge of the distribution, epidemiology, disease spectrum, and identification of microbial species focusing on a clinical perspective.
Critical reviews in microbiology.Crit Rev Microbiol.2014 Nov;40(4):293-312. doi: 10.3109/1040841X.2012.726209. Epub 2012 Oct 8.
Abstract The genus Shewanella is currently composed of more than 50 species that inhabit a range of marine environs and ecosystems. Several members of this genus, including S. oneidensis, have been identified that could potentially play key roles in environmental processes such as bioremediation of
PMID 23043419

Metastatic melanoma: results of 'classical' second-line treatment with cytotoxic chemotherapies.

Perrin C, Pracht M, Talour K, Adamski H, Cumin I, Porneuf M, Talarmin M, Mesbah H, Audrain O, Moignet A, Lefeuvre-Plesse C, Lesimple T.Author information Department of Medical Oncology, Centre Régional de Lutte Contre le Cancer Eugène Marquis , Rennes , France.AbstractBACKGROUND: Metastatic melanoma is one of the most aggressive tumours, with a median survival that does not exceed 12 months. None of the cytotoxic first-line therapies have shown survival benefit in randomised clinical trials.
The Journal of dermatological treatment.J Dermatolog Treat.2014 Oct;25(5):396-400. doi: 10.3109/09546634.2012.697986. Epub 2012 Sep 2.
BACKGROUND: Metastatic melanoma is one of the most aggressive tumours, with a median survival that does not exceed 12 months. None of the cytotoxic first-line therapies have shown survival benefit in randomised clinical trials.OBJECTIVE: To describe clinical benefit of second-line cytotoxic chemothe
PMID 22632465

Efficacy and safety of incobotulinum toxin A in periocular rhytides and masseteric hypertrophy: side-by-side comparison with onabotulinum toxin A.

Lee JH, Park JH, Lee SK, Han KH, Kim SD, Yoon CS, Park JY, Lee JH, Yang JM, Lee JH.Author information Department of Dermatology, Samsung Medical Center, Sungkyunkwan University School of Medicine , Seoul , Republic of Korea.AbstractBACKGROUND: Incobotulinum is a newly developed botulinum toxin A in which the complexing proteins had been removed.
The Journal of dermatological treatment.J Dermatolog Treat.2014 Aug;25(4):326-30. doi: 10.3109/09546634.2013.769041. Epub 2013 Jun 2.
BACKGROUND: Incobotulinum is a newly developed botulinum toxin A in which the complexing proteins had been removed.OBJECTIVE: The aim was to compare the efficacy and safety of incobotulinum with onabotulinum in treating periocular rhytides and masseteric hypertrophy.METHODS: A randomized, double-bli
PMID 23356833

Long-pulsed Nd:YAG laser on periorbital wrinkles in Asian patients: randomized split face study.

Chang SE, Choi M, Kim MS, Chung JY, Park YW, Lee JH.Author information Department of Dermatology, Asan Medical Center, University of Ulsan College of Medicine , Seoul , Korea.AbstractBACKGROUND AND OBJECTIVE: This study evaluated clinical usefulness of long-pulsed Nd:YAG laser (LPNY) for periorbital wrinkles in Asian patients.
The Journal of dermatological treatment.J Dermatolog Treat.2014 Aug;25(4):283-6. doi: 10.3109/09546634.2012.736022. Epub 2013 Jan 20.
BACKGROUND AND OBJECTIVE: This study evaluated clinical usefulness of long-pulsed Nd:YAG laser (LPNY) for periorbital wrinkles in Asian patients.METHODS: Twenty seven Korean patients were treated with several passes of LPNY (5 mm spot size, fluence: 54.7-61.8 J/cm(2), pulse duration: 56.5 microsecon
PMID 23030511