配列アラインメント

英: sequence alignment
関: 配列アライメント

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出典(authority):フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』「2012/09/23 15:05:51」(JST)

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Japanese Journal

双対分解によるRNA構造アラインメント

佐藤健吾,加藤有己,阿久津達也,浅井潔,榊原康文
情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学 2012-BIO-28(5), 1-6, 2012-03-21
… して定式化し,双対分解によってこれを高速に解くアルゴリズムDAFSを提案する.本手法では,双対分解によってRNA構造アランメントを解きやすい部分問題,すなわち共通二次構造予測と(構造を考慮しない)配列アラインメントに分解して独立に効率よく解き,構造アランメントの制約を満たさない予測に対してペナルティを与える,という手順を繰り返すことによって最適解を得る.複数のデータセットにおける計算機実験から, …
NAID 110008803110

超平面ハッシュ関数に基づく分散A<sup>*</sup> アルゴリズムの提案と多重配列アラインメント問題への応用

小林義和,岸本章宏,渡辺治
情報処理学会研究報告. AL, アルゴリズム研究会報告 2011-AL-135(2), 1-8, 2011-05-09
… ある.本論文では,単純であるが効果的な A* の並列化である Hash Distributed A*(HDA*) アルゴリズム上に超平面ハッシュ関数を利用し仕事を分配する方法を提案する.この仕事分配方法の性能を,マルチコア CPU を持つマシンで構成される PC クラスター上で,最適多重配列アラインメントの難しいベンチマーク問題を解かせることで評価し,この手法でベンチマーク問題に対しては,384CPU コアまで高い台数効果を達成すること示した. …
NAID 110008583100

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シーケンスアラインメント - Wikipedia

バイオインフォマティクスにおいて、シーケンスアラインメントとは、DNA, RNA, タンパク質の一次配列一次構造の類似した領域を特定できるように並ぶように並べたもので、機能的、構造的、あるいは進化的な配列の関係性を知る手がかりを与える。

動的計画法と配列アラインメント - IBM

2008年3月11日 ... 分子生物学では、コンピューター・サイエンスのアルゴリズムを研究用のツールとしてますます利用するようになってきています。この記事では、コンピューターを使って生物学上の問題を解決する、バイオインフォマティクス (bioinformatics: 生命 ...

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関連記事	「配列」「列」「ライン」

「配列アライメント」

英: sequence alignment
関: 配列アラインメント

「sequence alignment」

配列アライメント、配列アラインメント

「配列」

英: sequence、arrangement、array、constellation、arrange、sequential
関: 協定、経時的、系列、結果、シークエンス、シーケンス、順序、準備、筋道、整列、取り計らう、配置、配列決定、連続、連続的、逐次、結果としての、時系列、並べる、アレイ、順次、整理

PHP関数

array_unique()

	for ( $i = 0 ; $i < 5 ; $i++ ) {
		$a['w'][$i] = $i+100;
		$a['m'][$i] = 1;
	}
	for ( $i = 5 ; $i < 15 ; $i++ ) {
		$a['w'][$i] = $i+100;
		$a['m'][$i] = 2;
	}
	for ( $i = 15 ; $i < 20 ; $i++ ) {
		$a['w'][$i] = $i+100;
		$a['m'][$i] = 3;
	}

	$a['w'][5]=100;
	$a['w'][15]=100;

var_dump($a);
	$b = array_unique($a['w']); #配列 重複キー 消去

var_dump($b);

-----
array(2) { 
	["w"]=> array(20) 
		{
			[0]=> int(100) [1]=> int(101) [2]=> int(102) [3]=> int(103) [4]=> int(104) [5]=> int(100) [6]=> int(106) [7]=> int(107) [8]=> int(108) [9]=> int(109) [10]=> int(110) [11]=> int(111) [12]=> int(112) [13]=> int(113) [14]=> int(114) [15]=> int(100) [16]=> int(116) [17]=> int(117) [18]=> int(118) [19]=> int(119) } 
	["m"]=> array(20) 
		{
			[0]=> int(1) [1]=> int(1) [2]=> int(1) [3]=> int(1) [4]=> int(1) [5]=> int(2) [6]=> int(2) [7]=> int(2) [8]=> int(2) [9]=> int(2) [10]=> int(2) [11]=> int(2) [12]=> int(2) [13]=> int(2) [14]=> int(2) [15]=> int(3) [16]=> int(3) [17]=> int(3) [18]=> int(3) [19]=> int(3) } } 

array(18) {
			[0]=> int(100) [1]=> int(101) [2]=> int(102) [3]=> int(103) [4]=> int(104) [6]=> int(106) [7]=> int(107) [8]=> int(108) [9]=> int(109) [10]=> int(110) [11]=> int(111) [12]=> int(112) [13]=> int(113) [14]=> int(114) [16]=> int(116) [17]=> int(117) [18]=> int(118) [19]=> int(119) }

配列の要素の除去

array_pop

配列のインデックスから、末尾にあるインデックス１つを取り除く。指定した変数の配列が空だった場合には、null が帰される。

配列の結合

1. +演算子。同じキーを上書きする。
2. array_push(array, array)とすると、出力が array([0]->array, [1]->array)になる。
3. array_match(out_array, add_array)これでokだが、add_array = array();だとエラーが起こるので、適当なトラップが必要。　←　array_mergeの間違えでしょ？

配列要素の結合

implodeを用いる

$str = implode('/',$array);

配列の要素表示

var_dump()
print_r();

「列」

英: row、tier、train
関: 作条、訓練、層、連、段

「ライン」

英: line
関: 裏打ち、系統、線

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