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- sequence alignment
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- 配列アラインメント
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Japanese Journal
- 複数のCUDA互換GPUによるストリーム処理のためのミドルウェア
- 中川 進太,伊野 文彦,萩原 兼一
- 情報処理学会研究報告. [ハイパフォーマンスコンピューティング] 2010-HPC-126(19), 1-8, 2010-07-27
- … GPU に対して均等に計算処理を割り当てる.また,効率的なオーバラップを実現するために,API 関数の実行順序を動的に並び替える.開発者は CUDA の API 呼び出しをミドルウェアのものに置き換えることでオーバラップを実現できる.評価実験では,光学シミュレータおよび DNA の配列アライメントプログラムに対してミドルウェアを適用した.このとき,前者において 4 台の GPU を用いることで 4.41 倍の高速化を実現した. …
- NAID 110007995507
- 原 利英,佐藤 圭子,大矢 雅則
- 情報処理学会研究報告. BIO, バイオ情報学 2010-BIO-22(3), 1-7, 2010-07-21
- アミノ酸配列に対するアライメントにおいて,アミノ酸ペア間推移量を用いるようアルゴリズムを改良することで,生成されるアライメントの精度が向上することを確認した.本発表では,この新たに開発したアライメント手法である MTRAP 法と,既存の手法とのアライメント精度面での比較および検証を行う.
- NAID 110007990850
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- バイオインフォマティクスにおいて、シーケンスアラインメントとは、DNA, RNA, タンパク質の一次配列 一次構造の類似した領域を ... アラインメントされたヌクレオタイド 残基やアミノ酸残基の配列は、典型的には行列の行として表現され、同一あるいは類似 性質の ...
- 配列のアライメントは、バイオインフォマティクスで最もよく行われるタスクの1つです。 このタスクは、ライフサイエンス分野の多くの業界(学究機関、バイオテク産業、公益 事業、ソフトウェア産業、製薬会社、病院など)に渡って、ほぼすべての研究開発活動に 存在 ...
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- 関
- 配列アライメント
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- 英
- sequence、arrangement、array、constellation、arrange、sequential
- 関
- 協定、経時的、系列、結果、シークエンス、シーケンス、順序、準備、筋道、整列、取り計らう、配置、配列決定、連続、連続的、逐次、結果としての、時系列、並べる、アレイ、順次、整理
array_unique()
for ( $i = 0 ; $i < 5 ; $i++ ) {
$a['w'][$i] = $i+100;
$a['m'][$i] = 1;
}
for ( $i = 5 ; $i < 15 ; $i++ ) {
$a['w'][$i] = $i+100;
$a['m'][$i] = 2;
}
for ( $i = 15 ; $i < 20 ; $i++ ) {
$a['w'][$i] = $i+100;
$a['m'][$i] = 3;
}
$a['w'][5]=100;
$a['w'][15]=100;
var_dump($a);
$b = array_unique($a['w']); #配列 重複キー 消去
var_dump($b);
-----
array(2) {
["w"]=> array(20)
{
[0]=> int(100) [1]=> int(101) [2]=> int(102) [3]=> int(103) [4]=> int(104) [5]=> int(100) [6]=> int(106) [7]=> int(107) [8]=> int(108) [9]=> int(109) [10]=> int(110) [11]=> int(111) [12]=> int(112) [13]=> int(113) [14]=> int(114) [15]=> int(100) [16]=> int(116) [17]=> int(117) [18]=> int(118) [19]=> int(119) }
["m"]=> array(20)
{
[0]=> int(1) [1]=> int(1) [2]=> int(1) [3]=> int(1) [4]=> int(1) [5]=> int(2) [6]=> int(2) [7]=> int(2) [8]=> int(2) [9]=> int(2) [10]=> int(2) [11]=> int(2) [12]=> int(2) [13]=> int(2) [14]=> int(2) [15]=> int(3) [16]=> int(3) [17]=> int(3) [18]=> int(3) [19]=> int(3) } }
array(18) {
[0]=> int(100) [1]=> int(101) [2]=> int(102) [3]=> int(103) [4]=> int(104) [6]=> int(106) [7]=> int(107) [8]=> int(108) [9]=> int(109) [10]=> int(110) [11]=> int(111) [12]=> int(112) [13]=> int(113) [14]=> int(114) [16]=> int(116) [17]=> int(117) [18]=> int(118) [19]=> int(119) }
配列の要素の除去
array_pop
- 配列のインデックスから、末尾にあるインデックス1つを取り除く。指定した変数の配列が空だった場合には、null が帰される。
配列の結合
- 1. +演算子。同じキーを上書きする。
- 2. array_push(array, array)とすると、出力が array([0]->array, [1]->array)になる。
- 3. array_match(out_array, add_array)これでokだが、add_array = array();だとエラーが起こるので、適当なトラップが必要。 ← array_mergeの間違えでしょ?
配列要素の結合
$str = implode('/',$array);
配列の要素表示
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- alignment
- 関
- アラインメント、整列、整列化、配列比較
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- alignment
[★]
- 英
- row、tier、train
- 関
- 作条、訓練、層、連、段