2'-PDE

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英文文献

  • Analysis and refactoring of the A-74528 biosynthetic pathway.
  • Fitzgerald JT, Charkoudian LK, Watts KR, Khosla C.Author information Department of Chemistry, Stanford University, Stanford, California 94305, USA.AbstractA-74528 is a C30 polyketide natural product that functions as an inhibitor of 2',5'-oligoadenylate phosphodiesterase (2'-PDE), a key regulatory enzyme of the interferon pathway. Modulation of 2'-PDE represents a unique therapeutic approach for regulating viral infections. The gene cluster responsible for biosynthesis of A-74528 yields minute amounts of this natural product together with considerably larger quantities of a structurally dissimilar C30 cytotoxic agent, fredericamycin. Through construction and analysis of a series of knockout mutants, we identified the genes necessary for A-74528 biosynthesis. Remarkably, the formation of six stereocenters and the regiospecific formation of six rings in A-74528 appear to be catalyzed by only two tailoring enzymes, a cyclase and an oxygenase, in addition to the core polyketide synthase. The inferred pathway was genetically refactored in a heterologous host, Streptomyces coelicolor CH999, to produce 3 mg/L A-74528 in the absence of fredericamycin.
  • Journal of the American Chemical Society.J Am Chem Soc.2013 Mar 13;135(10):3752-5. doi: 10.1021/ja311579s. Epub 2013 Mar 4.
  • A-74528 is a C30 polyketide natural product that functions as an inhibitor of 2',5'-oligoadenylate phosphodiesterase (2'-PDE), a key regulatory enzyme of the interferon pathway. Modulation of 2'-PDE represents a unique therapeutic approach for regulating viral infections. The gene cluster responsibl
  • PMID 23442197
  • PDE12 removes mitochondrial RNA poly(A) tails and controls translation in human mitochondria.
  • Rorbach J, Nicholls TJ, Minczuk M.Author information MRC Mitochondrial Biology Unit, Wellcome Trust/MRC Building, Cambridge CB2 0XY, UK.AbstractPolyadenylation of mRNA in human mitochondria is crucial for gene expression and perturbation of poly(A) tail length has been linked to a human neurodegenerative disease. Here we show that 2'-phosphodiesterase (2'-PDE), (hereafter PDE12), is a mitochondrial protein that specifically removes poly(A) extensions from mitochondrial mRNAs both in vitro and in mitochondria of cultured cells. In eukaryotes, poly(A) tails generally stabilize mature mRNAs, whereas in bacteria they increase mRNA turnover. In human mitochondria, the effects of increased PDE12 expression were transcript dependent. An excess of PDE12 led to an increase in the level of three mt-mRNAs (ND1, ND2 and CytB) and two (CO1 and CO2) were less abundant than in mitochondria of control cells and there was no appreciable effect on the steady-state level of the remainder of the mitochondrial transcripts. The alterations in poly(A) tail length accompanying elevated PDE12 expression were associated with severe inhibition of mitochondrial protein synthesis, and consequently respiratory incompetence. Therefore, we propose that mRNA poly(A) tails are important in regulating protein synthesis in human mitochondria, as it is the case for nuclear-encoded eukaryotic mRNA.
  • Nucleic acids research.Nucleic Acids Res.2011 Sep 1;39(17):7750-63. doi: 10.1093/nar/gkr470. Epub 2011 Jun 11.
  • Polyadenylation of mRNA in human mitochondria is crucial for gene expression and perturbation of poly(A) tail length has been linked to a human neurodegenerative disease. Here we show that 2'-phosphodiesterase (2'-PDE), (hereafter PDE12), is a mitochondrial protein that specifically removes poly(A)
  • PMID 21666256
  • Human 2'-phosphodiesterase localizes to the mitochondrial matrix with a putative function in mitochondrial RNA turnover.
  • Poulsen JB, Andersen KR, Kjær KH, Durand F, Faou P, Vestergaard AL, Talbo GH, Hoogenraad N, Brodersen DE, Justesen J, Martensen PM.Author information Department of Molecular Biology, Aarhus University, C. F. Møllers Allé 3, Denmark.AbstractThe vertebrate 2-5A system is part of the innate immune system and central to cellular antiviral defense. Upon activation by viral double-stranded RNA, 5'-triphosphorylated, 2'-5'-linked oligoadenylate polyribonucleotides (2-5As) are synthesized by one of several 2'-5'-oligoadenylate synthetases. These unusual oligonucleotides activate RNase L, an unspecific endoribonuclease that mediates viral and cellular RNA breakdown. Subsequently, the 2-5As are removed by a 2'-phosphodiesterase (2'-PDE), an enzyme that apart from breaking 2'-5' bonds also degrades regular, 3'-5'-linked oligoadenylates. Interestingly, 2'-PDE shares both functionally and structurally characteristics with the CCR4-type exonuclease-endonuclease-phosphatase family of deadenylases. Here we show that 2'-PDE locates to the mitochondrial matrix of human cells, and comprise an active 3'-5' exoribonuclease exhibiting a preference for oligo-adenosine RNA like canonical cytoplasmic deadenylases. Furthermore, we document a marked negative association between 2'-PDE and mitochondrial mRNA levels following siRNA-directed knockdown and plasmid-mediated overexpression, respectively. The results indicate that 2'-PDE, apart from playing a role in the cellular immune system, may also function in mitochondrial RNA turnover.
  • Nucleic acids research.Nucleic Acids Res.2011 May;39(9):3754-70. doi: 10.1093/nar/gkq1282. Epub 2011 Jan 17.
  • The vertebrate 2-5A system is part of the innate immune system and central to cellular antiviral defense. Upon activation by viral double-stranded RNA, 5'-triphosphorylated, 2'-5'-linked oligoadenylate polyribonucleotides (2-5As) are synthesized by one of several 2'-5'-oligoadenylate synthetases. Th
  • PMID 21245038

和文文献

  • Phosphodiesterase 3 and 4 Negatively Regulate Receptor Activator of Nuclear Factor-κB Ligand-Mediated Osteoclast Formation by Prostaglandin E2
  • Noh A Long Sae Mi,Yang Mihye,Lee Jung-Min,Park Hyojung,Lee Dong-Seok,Yim Mijung
  • Biological & Pharmaceutical Bulletin 32(11), 1844-1848, 2009
  • … Prostaglandin E2 (PGE2) stimulates osteoclast formation by increasing receptor activator of nuclear factor (NF)-κB ligand (RANKL) mRNA expression via cAMP-protein kinase A (PKA) pathways in osteoblasts. … Since phosphodiesterases (PDEs) balance the concentration of intracellular cAMP stimulated by PGE2, we investigated the role of PDEs in PGE2-mediated osteoclast formation using various cAMP-specific PDEs inhibitors. …
  • NAID 130000116955
  • S16-2 PDE5阻害剤 追加発言NAIONについて(ED治療の現況, 第95回日本泌尿器科学会総会)
  • 木元 康介
  • 日本泌尿器科學會雜誌 98(2), 159, 2007-02-20
  • NAID 110006293632

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第2章 PDEに基づく画像処理 12 軸τ方向に連続につなげて得られる画像列I :(τ,x) 7→ Iστ(x) ∈R を線形スケールスペー スと呼ぶ[95]. 特にσとτの関係をστ= √ 2τとして定めるとき,式(2.1)のガウシアンカーネルは,Gτ(x,y)=e− x2+y2

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インターフェロン」

  [★]

interferon interferons IFN
オーアイエフIFNβモチダアドバフェロンアボネックスイムノマックス-γ、イントロンA、スミフェロンフエロンベタフェロンペガシスペグイントロン

概念

  • サイトカインの一種で抗ウイルス作用、免疫修飾作用、抗増殖活性を有する。(GOO.1261)

種類

  • I型インターフェロン
ウイルスに感染して誘導され、強い抗ウイルス作用を有する
  • II型インターフェロン
非ウイルス誘導性

表(SMB.426)

    産生細胞 種類 誘発因子 作用
I型インターフェロン IFN-α 好中球マクロファージなど 14種類以上 ウイルス細菌内毒素 抗ウイルス効果、抗腫瘍効果
IFN-β 線維芽細胞、上皮細胞など 1種類 ウイルス、2本鎖RNA 抗ウイルス効果、抗腫瘍効果
II型インターフェロン IFN-γ T細胞NK細胞など 1種類 抗原刺激、サイトカイン 免疫細胞の活性化、免疫系の制御

各インターフェロンについて

GOO.1261
  • ウイルス感染に対する非特異的な初期防御に関わる
  • 意義:ウイルス感染に対する非特異的な初期防御に関わる
  • 産生細胞:ほとんど全ての細胞
  • 産生のトリガー:二本鎖RNA、ある種のサイトカイン(IL-1, IL-2, TNF)
  • 作用:抗ウイルス作用、抗増殖作用:(1) リンパ球、NK細胞、およびマクロファージの細胞障害作用の亢進、(2) MHC class Iの発現の亢進作用  ← 抗ウイルス活性
  • 意義:マクロファージの活性化
  • 産生細胞:T細胞、NK細胞、マクロファージのみ!
  • 産生のトリガー:抗原刺激、mitogen、特定のサイトカイン
  • 作用:抗ウイルス作用は弱い。強力な免疫調整作用:(1) マクロファージの強力な活性化、(2) MHC class IIの発現の亢進、(3) 局所炎症反応の仲介(madiation)

インターフェロンの抗ウイルス作用

  • インターフェロンをシグナルとして受け取った細胞は以下の物質を産生して抗ウイルス作用を発揮する。

適応

副作用

発熱 ほぼ必発
甲状腺機能異常 約10%
間質性肺炎 非常に稀
精神症状 約10%
白血球減少 ほぼ必発
血小板減少 ほぼ必発
蛋白尿 約10%
糖尿病 0.1-5%
口腔内病変 約20%
脱毛 約5%
眼底出血 約20%



P」

  [★]


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「the 16th letter of the Roman alphabet」
p

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「parking」

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「phosphorusの化学記号」


PD」

  [★]



PDE」

  [★] ホスホジエステラーゼ phosphodiesterase




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