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Fastbreak: a tool for analysis and visualization of structural variations in genomic data.

Bressler R, Lin J, Eakin A, Robinson T, Kreisberg R, Rovira H, Knijnenburg T, Boyle J, Shmulevich I.AbstractABSTRACT: Genomic studies are now being undertaken on thousands of samples requiring new computational tools that can rapidly analyze data to identify clinically important features. Inferring structural variations in cancer genomes from mate-paired reads is a combinatorially difficult problem. We introduce Fastbreak, a fast and scalable toolkit that enables the analysis and visualization of large amounts of data from projects such as The Cancer Genome Atlas.
EURASIP journal on bioinformatics & systems biology.EURASIP J Bioinform Syst Biol.2012 Oct 9;2012(1):15. [Epub ahead of print]
ABSTRACT: Genomic studies are now being undertaken on thousands of samples requiring new computational tools that can rapidly analyze data to identify clinically important features. Inferring structural variations in cancer genomes from mate-paired reads is a combinatorially difficult problem. We in
PMID 23046488

Utilisation of fluorescent multiplex PCR and laser-induced capillary electrophoresis for the diagnosis of Ewing family of tumours in formalin-fixed paraffin-embedded tissues.

Patócs B, Németh K, Garami M, Arató G, Kovalszky I, Szendroi M, Fekete G.Source2nd Department of Paediatrics, Semmelweis University, Budapest, Hungary.
Journal of clinical pathology.J Clin Pathol.2012 Sep 26. [Epub ahead of print]
AIMS: The localisation of the translocation breakpoint of the Ewing sarcoma family of tumours shows significant variability on relatively large regions of fusion partner genes. As a consequence, many alternative forms of EWSR1-ETS translocation exist which make the RNA-based molecular diagnostics of
PMID 23015660

Effective Use of Heterologous Hosts for Characterization of Biosynthetic Enzymes Allows Production of Natural Products and Promotes New Natural Product Discovery

Watanabe Kenji
Chemical and Pharmaceutical Bulletin 62(12), 1153-1165, 2014
… (iv) pseurotins, whose variations in the C- and O-methylations and the degree of oxidation are introduced combinatorially by multiple redox enzymes; …
NAID 130004712915

福田公明,クラウスローレンツ,宮田洋行
電子情報通信学会技術研究報告. COMP, コンピュテーション 113(50), 25-32, 2013-05-10
P行列線形相補性問題(PLCP)の計算複雑度は現在未解明である。それに対する一つのアプローチとして、P行列の部分クラスを調べることでPLCPへの洞察を得ようとする研究がなされている。本稿では、有向マトロイドを用いて新しいP行列の部分クラスcyclic-P行列を提案する。このクラスは主ピボット変換や主マイナーをとるなどの操作で閉じているいう意味で自然である。また、このクラスの行列はうまく特徴づけられ …
NAID 110009768497

福田公明,クラウスローレンツ,宮田洋行
情報処理学会研究報告. AL, アルゴリズム研究会報告 2013-AL-144(5), 1-8, 2013-05-10
P行列線形相補性問題(PLCP)の計算複雑度は現在未解明である。それに対する一つのアプローチとして、P行列の部分クラスを調べることでPLCPへの洞察を得ようとする研究がなされている。本稿では、有向マトロイドを用いて新しいP行列の部分クラスcyclic-P行列を提案する。このクラスは主ピボット変換や主マイナーをとるなどの操作で閉じているいう意味で自然である。また、このクラスの行列はうまく特徴づけられ …
NAID 110009579681