末端反復配列

出典: meddic

long terminal repeatterminal repeat sequenceLTR
長末端反復
末端反復末端逆位配列 inverted terminal repeatδ因子 delta element
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参考

  • 1.
[display]http://www.stanford.edu/group/nolan/tutorials/retcl_3_ltrs.html

UpToDate Contents

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和文文献

  • 長鎖末端反復配列を利用したPCR法による清酒酵母の識別
  • 福田 央,周 延,三上 重明
  • 日本醸造協会誌 = Journal of the Brewing Society of Japan 107(1), 57-67, 2012-01-15
  • … 清酒酵母を識別するために,長鎖末端反復配列(LTR)の領域100ヶ所を対象にPCR反応を試みた。 …
  • NAID 10030301483
  • マウスIAP様ウシレトロトランスポゾンLTR配列の転写プロモーター活性
  • 加藤 博己,河野 善衛,高橋 佳江 [他],甲田 俊夫,岸本 学,三谷 匡,松本 和也,佐伯 和弘,細井 美彦,入谷 明
  • 近畿大学先端技術総合研究所紀要 (13), 61-70, 2008-03
  • … IAP は、その両端にLong Terminal Repeat(LTR)と呼ばれる、強力な転写プロモーター活性やエンハンサー活性を持つ、長い末端反復配列を持つ(Dewannieux et al., 2004)。 …
  • NAID 120002188110
  • レトロトランスポゾンを利用したサツマイモ加工品の原料品種判定
  • 大江 夏子,田原 誠,山下 裕樹 [他],丸谷 優,蔵之内 利和
  • 育種学研究 6(4), 169-177, 2004-12-01
  • … 品種間で違いが見られたRtsp-1挿入部位の塩基配列を調べ,挿入を受けた宿主側の配列とRtsp-1の末端反復配列間のPCRによって,それぞれの品種について様々な挿入部位における挿入の有無を調べた.その結果,最少5ヵ所の挿入部位のPCRにより,上記12品種の区別が可能であった.蒸切干しイモのDNAは,イオン交換樹脂カラムを用いて抽出することができたが,加工による断片化が進んでいた.断片化した蒸切干しイモのDNAを鋳型にした …
  • NAID 10014107362
  • Mycoplasma hyopneumoniae にみられた新しい反復配列
  • 原澤 亮,浅田 起代蔵,加藤 郁之進
  • The journal of veterinary medical science 57(3), 557-558, 1995-06-15
  • … 本反復配列は全長4193塩基対からなり, その両端に270,272塩基対からなる同方向末端反復配列(LTR)をもつ. …
  • NAID 110003916317

関連リンク

バイオテクノロジーに関する用語を集めました。 ... 末端反復配列(terminal repeat sequence, terminal redundancy) バクテリオファージやウイルスの直線状ゲノムの両端に並ぶ同一または酷似した塩基配列のこと。
ヌクレオチド配列は検討されて両方の5'および3'配列の両端に繰り返し。例えば、トランスポゾンの特徴は、それが両端にインバーテッドリピートによって挟まれており、逆方向反復がダイレクトリピートによって挟まれている ...
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ザ・トラステイーズ・オブ・ザ 複製は誤りがちで逆位反復配列 脊椎動物の遺伝子操作および


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inverted terminal repeat ITR
末端反復末端反復配列逆位末端配列δ因子
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delta element
末端反復末端反復配列末端逆位配列
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HIV末端反復配列」

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HIV long terminal repeat


配列」

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sequencearrangementarrayconstellationarrangesequential
協定経時的系列結果シークエンスシーケンス順序準備筋道整列取り計らう配置配列決定連続連続的逐次結果としての時系列並べるアレイ順次整理


PHP関数

array_unique()

	for ( $i = 0 ; $i < 5 ; $i++ ) {
		$a['w'][$i] = $i+100;
		$a['m'][$i] = 1;
	}
	for ( $i = 5 ; $i < 15 ; $i++ ) {
		$a['w'][$i] = $i+100;
		$a['m'][$i] = 2;
	}
	for ( $i = 15 ; $i < 20 ; $i++ ) {
		$a['w'][$i] = $i+100;
		$a['m'][$i] = 3;
	}

	$a['w'][5]=100;
	$a['w'][15]=100;

var_dump($a);
	$b = array_unique($a['w']); #配列 重複キー 消去

var_dump($b);

-----
array(2) { 
	["w"]=> array(20) 
		{
			[0]=> int(100) [1]=> int(101) [2]=> int(102) [3]=> int(103) [4]=> int(104) [5]=> int(100) [6]=> int(106) [7]=> int(107) [8]=> int(108) [9]=> int(109) [10]=> int(110) [11]=> int(111) [12]=> int(112) [13]=> int(113) [14]=> int(114) [15]=> int(100) [16]=> int(116) [17]=> int(117) [18]=> int(118) [19]=> int(119) } 
	["m"]=> array(20) 
		{
			[0]=> int(1) [1]=> int(1) [2]=> int(1) [3]=> int(1) [4]=> int(1) [5]=> int(2) [6]=> int(2) [7]=> int(2) [8]=> int(2) [9]=> int(2) [10]=> int(2) [11]=> int(2) [12]=> int(2) [13]=> int(2) [14]=> int(2) [15]=> int(3) [16]=> int(3) [17]=> int(3) [18]=> int(3) [19]=> int(3) } } 

array(18) {
			[0]=> int(100) [1]=> int(101) [2]=> int(102) [3]=> int(103) [4]=> int(104) [6]=> int(106) [7]=> int(107) [8]=> int(108) [9]=> int(109) [10]=> int(110) [11]=> int(111) [12]=> int(112) [13]=> int(113) [14]=> int(114) [16]=> int(116) [17]=> int(117) [18]=> int(118) [19]=> int(119) } 

配列の要素の除去

array_pop

  • 配列のインデックスから、末尾にあるインデックス1つを取り除く。指定した変数の配列が空だった場合には、null が帰される。

配列の結合

  • 1. +演算子。同じキーを上書きする。
  • 2. array_push(array, array)とすると、出力が array([0]->array, [1]->array)になる。
  • 3. array_match(out_array, add_array)これでokだが、add_array = array();だとエラーが起こるので、適当なトラップが必要。 ← array_mergeの間違えでしょ?

配列要素の結合

$str = implode('/',$array);

配列の要素表示

  • var_dump()
  • print_r();


末端」

  [★]

endterminalextremitydistalterminally
終わる終わり遠位遠位性遠心性きわみ最後四肢終端終末終了ターミナル末期目標末端側


反復配列」

  [★]

repetitive sequence, repeated sequence
繰返し配列繰り返し配列



反復」

  [★]

iteration(PSY), repetition(IMD)
  • 同じ行動や思考を繰り返すこと。



列」

  [★]

rowtiertrain
作条訓練、層、




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