オリゴヌクレオチドアレイ配列解析

出典: meddic

oligonucleotide array sequence analysis
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オリゴヌクレオチド(Oligonucleotide)は、おおよそ20塩基対かそれ以下の長さの短い ヌクレオチド(DNAまたはRNA)の配列である。 ... そのほかのオリゴヌクレオチドを 用いる実験手法としては、DNAマイクロアレイ、サザンブロッティング、FISH法、人工 遺伝子の ...
近年では、CGH解析や転写因子解析などをDNAマイクロアレイで網羅的に解析する 技術が開発され、遺伝子発現以外での利用が ... このオリゴヌクレオチドは、あらかじめ 遺伝子の特異的な塩基配列を特定するためにコンピュータを用いて位置や長さなどが ...

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配列」

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sequencearrangementarrayconstellationarrangesequential
協定経時的系列結果シークエンスシーケンス順序準備筋道整列取り計らう配置配列決定連続連続的逐次結果としての時系列並べるアレイ順次整理


PHP関数

array_unique()

	for ( $i = 0 ; $i < 5 ; $i++ ) {
		$a['w'][$i] = $i+100;
		$a['m'][$i] = 1;
	}
	for ( $i = 5 ; $i < 15 ; $i++ ) {
		$a['w'][$i] = $i+100;
		$a['m'][$i] = 2;
	}
	for ( $i = 15 ; $i < 20 ; $i++ ) {
		$a['w'][$i] = $i+100;
		$a['m'][$i] = 3;
	}

	$a['w'][5]=100;
	$a['w'][15]=100;

var_dump($a);
	$b = array_unique($a['w']); #配列 重複キー 消去

var_dump($b);

-----
array(2) { 
	["w"]=> array(20) 
		{
			[0]=> int(100) [1]=> int(101) [2]=> int(102) [3]=> int(103) [4]=> int(104) [5]=> int(100) [6]=> int(106) [7]=> int(107) [8]=> int(108) [9]=> int(109) [10]=> int(110) [11]=> int(111) [12]=> int(112) [13]=> int(113) [14]=> int(114) [15]=> int(100) [16]=> int(116) [17]=> int(117) [18]=> int(118) [19]=> int(119) } 
	["m"]=> array(20) 
		{
			[0]=> int(1) [1]=> int(1) [2]=> int(1) [3]=> int(1) [4]=> int(1) [5]=> int(2) [6]=> int(2) [7]=> int(2) [8]=> int(2) [9]=> int(2) [10]=> int(2) [11]=> int(2) [12]=> int(2) [13]=> int(2) [14]=> int(2) [15]=> int(3) [16]=> int(3) [17]=> int(3) [18]=> int(3) [19]=> int(3) } } 

array(18) {
			[0]=> int(100) [1]=> int(101) [2]=> int(102) [3]=> int(103) [4]=> int(104) [6]=> int(106) [7]=> int(107) [8]=> int(108) [9]=> int(109) [10]=> int(110) [11]=> int(111) [12]=> int(112) [13]=> int(113) [14]=> int(114) [16]=> int(116) [17]=> int(117) [18]=> int(118) [19]=> int(119) } 

配列の要素の除去

array_pop

  • 配列のインデックスから、末尾にあるインデックス1つを取り除く。指定した変数の配列が空だった場合には、null が帰される。

配列の結合

  • 1. +演算子。同じキーを上書きする。
  • 2. array_push(array, array)とすると、出力が array([0]->array, [1]->array)になる。
  • 3. array_match(out_array, add_array)これでokだが、add_array = array();だとエラーが起こるので、適当なトラップが必要。 ← array_mergeの間違えでしょ?

配列要素の結合

$str = implode('/',$array);

配列の要素表示

  • var_dump()
  • print_r();


オリゴヌクレオチドアレイ」

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oligonucleotide array
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解析」

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