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出典(authority):フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』「2012/07/13 18:13:07」(JST)
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ゲノミクス Genomics
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ゲノムプロジェクトとは、シークエンシングによって生物のゲノムの全塩基配列を解読しようとするプロジェクト。当初はヒトをはじめ、マウスや線虫などのモデル生物が主な対象であったが、多くの生物種に対象は拡大しつつある。各国の公的研究機関がチームを組んでプロジェクトを進行させるケースが多いが、イネや小麦などの主要農産物については企業による解読もなされた。
塩基配列情報は重要なものではあるが、それだけでは生物の理解には不十分であり、遺伝子領域や制御領域の認識、それらの役割の解明などを進めていくことが望まれる。これらの研究をポストゲノムと総称する。
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目次
- 1 ゲノムプロジェクトとモデル生物の一覧
- 1.1 後生動物 Metazoa
- 1.2 植物 Plantae
- 1.3 菌類 Fungi
- 1.4 原生生物
- 1.5 真正細菌
- 1.6 古細菌
- 1.7 細胞内小器官
- 1.8 ウイルス
- 1.9 メタゲノム
- 2 脚注
- 3 関連項目
- 4 外部リンク
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ゲノムプロジェクトとモデル生物の一覧
後生動物 Metazoa
- 節足動物 Arthropoda:
- ネッタイシマカ（デング熱） Aedes aegypti
- ヒトスジシマカ Aedes albopictus
- Aedes triseriatus
- マダニ Amblyomma americanum
- ハマダラカ (マラリア) Anopheles gambiae: 2002年10月
- ミツバチ Apis mellifera ligustica
- カイコ Bombyx mori:2004年2月29日
- アカイエカ Culex pipiens
- キイロショウジョウバエ Drosophila melanogaster：BDGP, Celera, 2000年3月24日
- ツェツェバエ （トリパノソーマ） Glossina morsitans
- キョウソヤドリコバチ Nasonia vitripennis
- 脊索動物 Chordata:
- ウシ Bos taurus: 進行中
- イヌ Canis familiaris
- ウマ Equus caballus: 進行中
- ネコ Felis catus: 進行中
- ヒト Homo sapiens
- マウス Mus musculus:
- チンパンジー Pan troglodytes
- ラット Rattus norvegicus：2004年4月1日
- イノシシ、ブタ Sus scrofa
- ニワトリ Gallus gallus
- アフリカツメガエル Xenopus laevis
- アフリカツメガエル Xenopus tropicalis
- メダカ Oryzias latipes: 700 Mbp, NIG、東京大学, 2007年
- ゼブラフィッシュ Danio rerio: 進行中
- トラフグ Fugu rubripes: 365 Mbp
- ミドリフグ Tetraodon nigroviridis
- カタユウレイボヤ Ciona intestinalis
- 線形動物 Nematoda:
- マレー糸状虫（フィラリア） Brugia malayi
- Caenorhabditis briggsae
- Caenorhabditis elegans: 100.274 Mbp, サンガーセンター、ワシントン大学, 1998年
- 吸虫 Trematoda:
- 日本住血吸虫 Schistosoma japonicum
- マンソン住血吸虫 Schistosoma mansoni
植物 Plantae
- シロイヌナズナ Arabidopsis thaliana
- トマト Lycopersicon esculentum
- タルウマゴヤシ Medicago truncatula
- イネ Oryza sativa
- ミヤコグサ Lotus japonicus
- ポプラ Populus trichocarpa
- ブドウ Vitis vinifera: 467.5 Mbp, フランス＆イタリア, 2007年
菌類 Fungi
- 子嚢菌 Ascomycota:
- アスペルギルス（コウジカビ類）Aspergillus fumigatus
- アスペルギルス・ニデュランス Aspergillus nidulans
- アスペルギルス Aspergillus parasiticus
- アスペルギルス Aspergillus terreus
- カンジダ Candida albicans
- カンジダ Candida glabrata CBS138
- Debaryomyces hansenii
- Fusarium sporotrichioides
- イネバカナエ菌病菌 Gibberella zeae PH-1
- Kluyveromyces lactis
- アカパンカビ Neurospora crassa
- ニューモシスチス・カリニ（カリニ肺炎） Pneumocystis carinii
- 出芽酵母 Saccharomyces cerevisiae
- 分裂酵母 Schizosaccharomyces pombe
- Yarrowia lipolytica
- 担子菌 Basidiomycota:
- クリプトコッカス Cryptococcus neoformans
- Phanerochaete chrysosporium
- 微胞子虫 Microsporidia:
原生生物
- アピコンプレックス門 Apicomplexa[1]:
- 牛バベシア Babesia bovis
- 鶏盲腸コクシジウム Eimeria tenella
- 小形クリプトスポリジウム Cryptosporidium parvum
- ヒトクリプトスポリジウム Cryptosporidium hominis TU502
- ネズミマラリア原虫 Plasmodium berghei
- Plasmodium chabaudi
- 熱帯熱マラリア原虫（マラリア） Plasmodium falciparum
- カニクイザルマラリア原虫 Plasmodium knowlesi
- 三日熱マラリア原虫（マラリア） Plasmodium vivax
- ヨーエリマラリア原虫 Plasmodium yoelii
- 熱帯ピロプラズマ病タイレリア Theileria annulata
- 東沿岸熱タイレリア Theileria parva
- トキソプラズマ Toxoplasma gondii
- Entamoebidae:
- 赤痢アメーバ Entamoeba histolytica
- Heterokontophyta（不等毛藻）
- シオミドロ Ectocarpus siliculosus 2010年6月
- Rhodophyta（紅藻）:
- Porphyra yezoensis
- シアニディオシゾン Cyanidioschyzon merolae
- Kinetoplastida:
- リーシュマニア（カラアザール） Leishmania major
- ガンビアトリパノソーマ（アフリカ睡眠病） Trypanosoma brucei
- クルーズトリパノソーマ（シャーガス病） Trypanosoma cruzi
真正細菌
2008年10月現在、真正細菌では780の菌株のゲノム解読が終了している。
古細菌
2008年10月現在、古細菌では53の菌株のゲノム解読が終了している。3ドメインの中では最も解読数が少ないが、発見種も少ないため解読された割合自体は最も高い。ほぼ全ての目に渡って解読種が存在する。詳細はゲノム配列が決定された古細菌の一覧を参照。
細胞内小器官
葉緑体やミトコンドリアもそれぞれ独自にゲノムを持っており、これらについてのゲノムプロジェクトも進行している。
ウイルス
ウイルスは宿主の遺伝子に依存しているためゲノムサイズが小さい。2008年10月現在、ウイルスでは2700種のゲノム解読が終了している。
メタゲノム
メタゲノム解析は単一菌種の分離・培養過程を経ずに、微生物の集団から直接そのゲノムDNAを調製し、そのヘテロなゲノムDNAをそのままシークエンシングする。そのため、メタゲノム解析により従来の方法では困難であった難培養菌のゲノム情報が入手可能となった。
脚注
- ^ 和名は、日本寄生虫学会用語委員会 「暫定新寄生虫和名表」 2008年5月22日に基づく。
関連項目
- モデル生物
- ヒトゲノム計画
- バイオインフォマティクス
外部リンク
UpToDate Contents
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Japanese Journal
- 高祖 歩美
- 情報管理 56(5), 294-301, 2013
- … 生命科学分野では，ヒトの全ゲノム情報を解読した国際的なヒトゲノムプロジェクトを契機として，研究者が保有するデータを公開して，皆で利活用するデータ共有が進められてきた。 …
- NAID 130003360697
- 2Hp22 次世代シーケンサーを用いたDehalococcoides sp. strain ATV-1の全ゲノム解析(環境浄化,修復,保全技術,一般講演)
- 武知 文音,養王田 正文,田村 紀義,福田 智美,矢木 修身,塚原 正俊,照屋 盛実,喜久里 育也,藤森 一浩,今田 有美,鼠尾 まい子,佐藤 万仁,佐藤 友紀,矢野 修一,三輪 友希乃,町田 雅之,平野 隆
- 日本生物工学会大会講演要旨集 64, 78, 2012-09-25
- NAID 110009609535
Related Links
- 平成20年度から始まった「新農業展開ゲノムプロジェクト」ではイネゲノム研究の成果を利用して、育てやすくてたくさんとれるイネやムギなどの作物、食べる目的以外の新しい働きを持たせた作物の開発が進められています。
- 2．人間の遺伝子の謎を解明する道 人間の30億個の塩基配列全部を解析する目標を達成するために、HGPは、研究期間を2つの期間に分けている。始めの期間は、ゲノムマッピングのための期間であり、後の期間は、DNAシークエン ...
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- 英
- genome
- 関
- ヒト・ゲノム計画
- 生物ががもつ遺伝子群のこと。
- ヒト：約30億塩基対
[★]
- 英
- pro
